Με απόφαση του υπουργού Αγροτικής Ανάπτυξης και Τροφίμων, παρέχεται η δυνατότητα για τον ορισμό σημείου ελέγχου εκτός των συνοριακών σταθμών ελέγχου, στο οποίο οι αρμόδιες αρχές μπορούν να διενεργούν ελέγχους ταυτότητας και φυσικούς ελέγχους σε φορτία φυτών, φυτικών προϊόντων και άλλων προϊόντων.

Κατά τη διαδικασία ορισμού ενός τόπου ως σημείου ελέγχου άλλου από τον συνοριακό σταθμό ελέγχου και κατά την πραγματοποίηση των ελέγχων ταυτότητας και φυσικών ελέγχων, καθώς και των προβλεπόμενων ελέγχων απαιτείται η συνεχής συνεργασία και επικοινωνία μεταξύ της αρμόδιας φυτοϋγειονομικής υπηρεσίας του συνοριακού σταθμού ελέγχου και των τελωνειακών υπηρεσιών, του συνοριακού σταθμού ελέγχου και του σημείου ελέγχου, υπό την επιτήρηση των οποίων τελούν τα φορτία που θα ελέγχονται στο σημείο ελέγχου άλλο από τον συνοριακό σταθμό ελέγχου.

Ο υπεύθυνος επιχείρησης, ο οποίος ενδιαφέρεται για τον ορισμό ενός τόπου ως σημείου ελέγχου άλλου από τον συνοριακό σταθμό ελέγχου, υποβάλλει αίτηση συνοδευόμενη από τις αναγκαίες πληροφορίες για την αξιολόγηση της καταλληλότητας του προτεινόμενου τόπου ως σημείου ελέγχου άλλου από τους συνοριακούς σταθμού ελέγχου, πληροφορίες για τα προϊόντα που προορίζονται να εισαχθούν και ελεγχθούν στον τόπο αυτό, πληροφορίες για την αποθήκευση των προϊόντων κατά την αναμονή των τελικών αποτελεσμάτων των ελέγχων, καθώς και για τη διασφάλιση του διαχωρισμού τους τόσο από άλλα προϊόντα όσο και από φορτία προσβεβλημένα ή ύποπτα προσβολής από επιβλαβείς οργανισμούς, πληροφορίες για την επιτήρηση από την τελωνειακή αρχή, στην κατά τόπο αρμοδιότητα της οποίας υπάγεται ο προτεινόμενος τόπος ως σημείου ελέγχου, των φορτίων που θα ελέγχονται στο εν λόγω σημείο ελέγχου.

Στη συνέχεια η αρμόδια υπηρεσία, μετά την παραλαβή της αίτησης και του τεχνικού φακέλου, προβαίνει σε μια σειρά ενεργειών και αξιολογεί την καταλληλότητα του προτεινόμενου τόπου για τη διενέργεια ελέγχων και κατά πόσο αυτός πληροί τις ελάχιστες απαιτήσεις.