Καθορίστηκαν τα τέλη διοδίων στην Εγνατία Οδό, όπου περιλαμβάνονται 15 σταθμοί με ακριβότερο αυτόν της Μουσθένης και ακολουθούν ο Πολύμυλος και το Μαλακάσι. Αναλυτικά, οι χρεώσεις για τις κατηγορίες 3 και 4 εμφανίζονται στον παρακάτω πίνακα:
Σύμφωνα με τις ειδικότερες προβλέψεις της σύμβασης για τους χρήστες που πραγματοποιούν διαδρομή αποκλειστικά εντός ενός εκ των ακόλουθων τμημάτων του αυτοκινητοδρόμου «Εγνατία Οδός»:
(α) Α/Κ Καλοχωρίου έως Α/Κ Ευκαρπίας (Θεσσαλονίκη),
(β) Α/Κ Αγ. Ανδρέα έως Α/Κ Άσπρα Χώματα (Καβάλα),
(γ) Α/Κ Δωδώνης έως Α/Κ Παμβώτιδας (Ιωάννινα),
(δ) Α/Κ Μάκρης έως Μεθοριακό σταθμό Κήπων (Αλεξανδρούπολη) και
(ε) Α/Κ Ταξιάρχη έως Α/Κ Καλαμιάς (Σιάτιστα), δηλαδή διαδρομή όπου αμφότερα τα σημεία αναχώρησης και άφιξης βρίσκονται εντός ενός εκ των ανωτέρω τμημάτων, θα εφαρμόζεται ειδικό σύστημα αναλογικής χρέωσης, όπου τα τέλη διοδίων θα υπολογίζονται βάσει της διανυόμενης απόστασης («Υβριδικό Σύστημα Διοδίων»). Για χρήστες που κινούνται εκτός των τμημάτων αυτών, καθώς και για τους χρήστες που κινούνται τόσο εντός όσο και εκτός των τμημάτων αυτών, τα τέλη διοδίων θα υπολογίζονται βάσει του Ανοικτού Συστήματος Διοδίων, δηλαδή βάσει ολόκληρου του μήκους χρέωσης των αντίστοιχων περιοχών χρέωσης.
Προβλέπεται, επίσης, η δυνατότητα της εταιρείας να εγκαταστήσει ηλεκτρονικές τεχνικές συσκευές, για τη βεβαίωση της μη καταβολής από χρήστες του ισχύοντος διοδίου.
Σε περίπτωση που ο χρήστης, κατά τη διέλευσή του από το σταθμό διοδίων, δηλώσει αδυναμία καταβολής των σχετικών διοδίων, ο εισπράκτορας του σταθμού συμπληρώνει τα προσωπικά στοιχεία του οφειλέτη σε ειδικό έγγραφο με τίτλο «έντυπο αδυναμίας καταβολής», το οποίο υπογράφεται και από τα δύο μέρη και ο καθένας κρατάει από ένα αντίγραφο. Στο παραπάνω έντυπο αναγράφεται ότι ο οφειλέτης θα καταβάλει εντός 20 ημερών την αξία των διοδίων, άλλως θα επιβάλλεται πρόστιμο 20 φορές του οφειλόμενου διοδίου και το χρέος αυτό αποστέλλεται στη ΔΥΟ του υπόχρεου.